آنالیز میکروبی آب برحسب نوع آلودگی یا محل برداشت، نمونهمیکرو ارگانیسمهایمتفاوتی اعم از بیماریزا و غیر بیماریزا را میتواند شناسایی و گزارش نماید. با این حال رایجترین شاخص تعداد کلکلیفرمهاهستند. وجودکلیفرمدر آببه تنهایی بیماریزا بودن آب را نشان نمیدهد. بلکه یک شاخص و در مورد آب آشامیدنی یک هشدار است تا آزمایشهای تکمیلی انجام شود و یا از مواد ضد عفونی کننده بیشتری استفاده شود. به همین دلیل تقریبا در تمام استانداردهای جهان به شاخص کلیفرم اشاره شده است و توصیه شده است در صورت مثبت بودن تست کلیفرم، وجود میکرو ارگانیسمهای دیگر، بخصوصمیکروبهای بیماری زامورد بررسی قرار گیرد.
تست کلیفرم های مدفوعی ( Fecal Coliforms ) و کلیفرم های کلی ( Total Coliforms ) براساس استاندارد ملی ۳۷۵۹
انجام تست E.coli (اشرشیاکلی) در نمونه های آب و پساب براساس استاندارد ملی ۳۷۵۹
تست باکتری های احیا کننده سولفات (SRB:Sulphate Reducing Bacteria) طبق استاندارد متد ASTM4412-84(تست باکتری های بی هوازی در خوردگی لوله ها و تجهیزات فولادی، برج های خنک کننده، بویلرها)
شمارش کل باکتری ها (TBC : Total Bacteria Count) طبق استاندارد متد ST.M.9215
انجام آزمایشات بیولوژیکی آب ، استرپتوکوک مدفوعی براساس استاندارد ملی ۳۶۱۹
تخم انگل براساس استاندارد متد modified Bailenger
شمارش تعداد قارچها در نمونه های آب براساس استاندارد متد ۵۸۶۸